瞑想はうつ症状の改善に非常に効果的であることがわかっています。さらに、脳科学分野の発達によって、瞑想することで脳の構造が変化することもわかっています。
「瞑想は神経生理学的にも有益です。瞑想によって、大脳の各部位における連結を強化することができるからです。メンタル的にも、瞑想をすることにより、不安やうつなどの症状が軽減し、さらに集中力や注意力が増すことが明らかになっています」
2014年中にオープンになった47本の論文の内16本において、マインドフルネス瞑想が、うつ症状の改善に効果的であったと報告されています（その効果は抗うつ剤と同等であった）。
また、マインドフルネス瞑想は、大脳皮質の肥厚を促すことも示唆されています。大脳皮質は感情を司る領域であるため、瞑想によって感情のコントロールが容易に行われるようになることが推測されます。
さらに、偏桃体の委縮も報告されています。偏桃体は恐怖や不安、ストレスに対して反応する部位であるため、この部位の委縮はそれらのネガティブな感情に対して冷静さを保つことにつながると考えられます。
不安症患者は、偏桃体におけるセロトニンレベルが正常値よりはるかに多いと言われています（従って、SSRIなどのセロトニン分泌を高める薬は不安症を増悪させます）。過去の研究においても、偏桃体の活動が高まることが不安を誘発することが明らかになっています。
つまり、不安症患者の場合、偏桃体の過剰な活動がその症状の引き金になっている可能性が高いわけです。瞑想は偏桃体の活動を抑制する働きがあるので、不安症患者の症状改善に効果が期待できます。
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